Proszę usunąć wszystko prócz tych ścieżek:
data/files/
i data/database/
Jeżeli korzysta Pan z jakiegoś customowego szablonu należy też zachować pliki folder
data/themes/
data/widgets/
Później trzeba sprawdzić jeszcze czy w tych folderach nie ma zadnych niechcianych plików "wirusowych" i Zachować gdzieś te foldery w oddzielnym katalogu.
Po upewnieniu się że wszytsko jest czyste zainstlować świeżą instalkę windu i później nadpisać foldery
data/files/
data/database/
plikami ze starej instalki
W przypadku folderu z widgetami i szablonami należy zwórcić szczególna uwagę czy nie ma tam powsadzanego złosliwego kodu, bo ktoś się Panu włamał na stronę/serwer i ją zainfekował.